TABLE I
SUMMARY OF H-BONDS BETWEEN ER DBD AMINO ACIDS AND ERE
NUCLEOTIDES DURING 300 PICOSECONDS OF MOLECULAR DYNAMICS
USING A ER DBD / 25 BP ERE MODEL IN A 10 ANGSTROM WATER LAYER
Column numbers represent the following:
(1) H-bonding Amino Acid (2) Amino Acid Number
(3) Amino Acid H-bonding Atom (4) H-Bonding Nucleotide
(5) Nucleotide Number (6) Nucleotide H-bonding Atom
(7) First Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(8) Last Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(9) Frequency of H-bond Occurrence (10) Codon or Anticodon H-bond
* Denotes codon or anticodon reading 3' to 5'.
Direct H-bonds are in boldface and water mediated H-bonds are in plain text.
LEFT PROTEIN MONOMER H-BONDS RIGHT PROTEIN MONOMER H-BONDS
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
----EXON 3 ENCODED AMINO ACIDS----- ----EXON 3 ENCODED AMINO ACIDS-----
K 180 O G 5 OP 84 88 5 E 181 OE T 29 O5' 237 245 5
E 181 OE T 29 O5' 189 189 1
R 183 HH2 G 5 OP 8 11 4 C E 181 OE T 29 OP 189 189 1
R 183 HH2 G 5 OP 35 42 12 C E 181 OE T 29 O5' 284 300 17
R 183 HH2 G 5 OP 210 241 5 C E 181 OE C 30 OP 248 272 7
D 190 OD A 42 OP 39 120 22 C R 183 HE C 30 OP 68 83 16
D 190 OD A 42 OP 43 142 67 C R 183 HH2 C 30 OP 68 80 11
D 190 OD A 42 OP 218 221 4 C R 183 HH2 C 30 OP 77 160 10
S 193 HG C 6 H41 249 251 3 C* D 190 OD A 17 OP 78 81 4 C
Y 195 H C 6 OP 1 300 261 S 193 HG C 18 H41 289 289 1 AC
H 196 HD1 C 6 OP 4 300 297 Y 195 H A 31 OP 1 300 249
Y 197 HH A 7 OP 15 296 200 H 196 H A 31 OP 1 300 287
Y 197 H C 6 O5' 150 182 4 H 196 HD1 A 31 OP 5 300 296
Y 197 H C 6 O5' 70 300 102 H 196 HD1 A 31 OP 235 248 14
Y 197 H A 7 OP 150 180 13
Y 197 H A 7 OP 15 300 214 Y 197 HH A 32 OP 1 300 272
Y 197 HH A 7 OP 219 222 4 Y 197 H A 31 O3' 6 6 1
Y 197 OH A 7 OP 240 240 1 Y 197 H A 31 OP 23 65 42
Y 197 OH A 7 O5' 79 120 25 Y 197 H A 32 OP 210 211 2
Y 197 OH A 7 OP 19 34 5 Y 197 OH A 32 O5' 259 263 5
Y 197 OH A 7 OP 262 262 1 Y 197 OH A 32 OP 268 271 4
Y 197 OH A 32 O5' 290 299 10
E 203 OE A 7 H61 5 300 239 Y 197 OH A 32 OP 130 135 6
E 203 OE C 43 H41 20 275 114
E 203 OE C 43 H42 68 280 12 E 203 OE C 18 H41 1 92 42 AC*
E 203 O G 8 O6 38 300 78 E 203 OE A 32 H61 1 300 279 C*
E 203 OE G 8 N7 60 71 12 E 203 O A 17 H61 170 253 5
E 203 OE G 8 O6 1 284 127 E 203 OE A 17 H61 147 259 33
E 203 O A 42 H61 38 300 38 E 203 OE A 31 OP 70 300 224 C*
E 203 O A 42 N7 245 245 1 E 203 O A 32 N7 228 294 15 C*
E 203 OE A 42 H61 29 267 42 E 203 OE A 32 N7 127 295 67 C*
E 203 OE A 42 N7 29 245 5 E 203 OE G 33 O6 34 300 98 C*
E 203 OE T 44 O4 205 211 7
G 204 H A 17 OP 17 18 2
G 204 H A 42 OP 25 35 11 G 204 H A 17 O5' 13 20 8
G 204 O G 41 OP 7 23 10 G 204 H A 17 OP 1 16 12
G 204 H A 42 OP 1 6 6
G 204 H A 42 O5' 290 290 1 K 206 HZ A 32 N7 1 300 257 C
G 204 H A 42 OP 36 300 170 K 206 HZ A 32 OP 38 300 257 C
G 204 H A 42 OP 9 29 9 K 206 HZ G 33 O6 97 121 13 C
K 206 HZ A 7 N7 1 300 327 A 207 H G 33 O6 39 41 3
K 206 HZ A 7 OP 87 300 200
K 206 HZ G 8 N7 60 71 12 K 210 HZ G 33 N7 11 231 37 C
K 206 HZ G 8 O6 39 132 24 K 210 HZ G 33 OP 278 300 36 C
K 206 HZ A 42 H61 39 42 3 K 210 HZ T 34 O4 1 2 2
K 210 HZ A 32 O5' 290 300 11 C
A 207 O T 40 OP 48 145 26 K 210 HZ G 33 N7 8 232 104 C
A 207 O T 40 OP 298 300 3 K 210 HZ G 33 O6 8 231 109 C
K 210 HZ G 33 O5' 276 284 9 C
F 208 H T 9 O4 98 283 42 K 210 HZ G 33 OP 16 294 230 C
K 210 HZ G 33 OP 253 272 18 C
K 210 HZ G 8 OP 7 300 339 K 210 HZ T 34 O4 38 160 21
K 210 HZ G 8 OP 78 153 8 K 210 HZ T 34 O4 218 251 33
K 210 HZ G 8 OP 58 91 16
K 210 HZ G 8 N7 1 2 2 R 211 HH1 T 15 O5' 18 20 3
K 210 HZ G 8 OP 56 58 6 R 211 HH1 G 16 N7 26 300 271
K 210 HZ G 8 OP 45 48 4 R 211 HH1 G 16 O6 51 211 94
K 210 HZ G 8 O4' 120 120 1 R 211 HH2 G 16 N7 1 25 25
K 210 HZ G 8 O5' 15 126 27 R 211 HH2 G 16 O6 24 300 272
K 210 HZ G 8 OP 15 40 19 R 211 HH2 T 34 O4 58 300 192
K 210 H T 9 O4 266 267 2 R 211 HE T 15 O4' 47 108 37
K 210 HZ T 9 O4 10 12 3 R 211 HE T 15 O5' 32 234 77
K 210 HZ T 9 OP 30 92 27 R 211 HE T 15 OP 8 31 17
R 211 HH1 T 15 O4' 47 140 62
R 211 HH2 T 9 O4 139 250 17 R 211 HH1 T 15 O5' 32 244 112
R 211 HH1 T 40 OP 1 82 95 R 211 HH1 T 15 OP 8 31 16
R 211 HH1 G 41 N7 57 300 244 R 211 HH2 G 16 O6 8 22 15
R 211 HH1 G 41 O6 107 271 69 R 211 HH2 T 34 O4 9 33 25
R 211 HH2 G 41 N7 6 56 51 R 211 HH2 C 35 H41 55 293 101
R 211 HH2 G 41 O6 55 300 246 R 211 HH2 C 35 H42 89 93 5
R 211 H T 9 O4 249 260 12
R 211 HH2 T 9 O4 19 45 24 Y 219 OH T 15 OP 49 51 3
R 211 HH2 C 10 H41 161 273 15
R 211 HE T 40 OP 9 182 58 R 234 HE G 16 O5' 8 300 202
R 211 HH1 T 40 OP 9 287 257 R 234 HE G 16 OP 1 252 101
R 211 HH2 G 41 O6 26 32 7 R 234 HH2 G 16 O3' 38 84 40
R 211 HH2 G 41 O6 9 295 40 R 234 HH2 G 16 O5' 20 281 126
R 211 HH2 G 41 O6 1 4 4 R 234 HH2 A 17 OP 1 300 211
R 234 O T 15 OP 77 210 12
Q 214 HE2 T 9 OP 289 290 2 R 234 HE A 17 OP 210 210 1
Q 214 HE2 T 9 OP 269 273 5 R 234 HH1 A 17 OP 5 20 6
Q 214 HE2 T 9 OP 238 240 3 R 234 HH1 A 17 OP 39 41 3
R 234 HH1 A 17 OP 109 300 28
N 217 HD2 G 39 OP 109 140 2 R 234 HH2 A 17 OP 149 152 4
R 234 HH2 A 17 OP 4 20 7
K 231 HZ A 42 OP 58 292 67 R 234 HH2 A 17 OP 90 140 4
K 231 HZ A 42 OP 299 300 2 R 234 HH2 A 17 OP 39 41 3
K 231 HZ A 42 OP 1 5 5 R 234 HH2 A 17 OP 27 33 7
R 234 HH2 A 17 OP 59 300 54
R 234 HE G 41 OP 1 300 200
R 234 HH2 G 41 O3' 16 20 5 K 235 HZ G 39 OP 47 300 296 C
R 234 HH2 G 41 OP 8 53 14 K 235 O T 14 O3' 72 105 7 AC
R 234 HH1 A 42 OP 10 233 145 K 235 HZ T 15 O2 280 297 15 AC
R 234 HH2 A 42 OP 4 300 253 K 235 HZ T 15 O3' 190 300 35 AC
R 234 HH1 G 41 OP 137 232 7 K 235 HZ T 15 O4' 191 291 13 AC
R 234 HH2 G 41 O3' 127 131 5 K 235 HZ T 15 OP 299 300 2 AC
R 234 HH2 G 41 O3' 258 290 8 K 235 O T 15 OP 9 273 167 AC
R 234 HH1 A 42 OP 4 83 8 K 235 O T 15 OP 128 300 104 AC
R 234 HH1 A 42 OP 54 116 42 K 235 O T 15 OP 38 105 43 AC
R 234 HH1 A 42 OP 88 93 6 K 235 HZ A 38 O3' 29 30 2 C
R 234 HH2 A 42 OP 288 291 4 K 235 HZ A 38 O3' 257 261 5 C
R 234 HH2 A 42 OP 89 175 20 K 235 HZ A 38 O4' 267 300 7 C
R 234 HH2 A 42 OP 270 270 1 K 235 HZ G 39 OP 172 230 28 C
R 234 HH2 A 42 OP 1 5 6 K 235 HZ G 39 OP 260 263 4 C
K 235 HZ G 39 O4' 20 20 1 C
K 235 HZ G 41 OP 1 300 330 K 235 HZ G 39 OP 9 33 32 C
K 235 HZ T 14 OP 29 71 44 AC,AC* K 235 HZ G 39 OP 69 91 7 C
K 235 HZ T 14 OP 40 41 2 AC,AC* K 235 HZ G 39 O4' 239 300 14 C
K 235 HZ T 40 O3' 169 230 4
K 235 O T 40 OP 106 290 27 S 236 O T 15 OP 150 300 14 C,C*
K 235 O T 40 OP 8 235 136
Q 238 HE2 T 14 O3' 29 30 2 AC
S 236 HG T 15 OP 38 40 3 AC Q 238 HE2 T 15 OP 1 300 248 AC
Q 238 HE2 T 14 O5' 31 38 8 AC
Q 238 HE2 G 39 O5' 87 242 11 Q 238 HE2 T 14 OP 34 160 56 AC
Q 238 HE2 T 40 OP 1 286 240 Q 238 HE2 T 14 OP 89 138 14 AC
Q 238 HE2 G 39 O5' 149 153 5
Q 238 HE2 G 39 OP 148 148 1 R 241 HH1 G 16 OP 1 300 304
Q 238 HE2 G 39 O5' 159 161 3 R 241 HH2 G 16 OP 2 300 313
Q 238 HE2 G 39 O5' 51 84 18 R 241 HH1 T 15 OP 1 273 176
Q 238 HE2 G 39 OP 51 83 28 R 241 HH2 G 16 OP 131 281 87
Q 238 HE2 G 39 OP 189 220 4 R 241 HH2 G 16 OP 160 160 1
Q 238 OE G 39 OP 299 300 2 R 241 HH2 A 17 OP 160 160 1
Q 238 H T 40 OP 156 162 7
Q 238 H T 40 OP 298 298 1
Q 238 H T 40 OP 218 221 4
R 241 HH2 T 40 OP 293 300 7
R 241 HH2 T 40 OP 24 300 24
R 241 HH2 T 40 OP 48 140 58
R 241 HH1 G 41 O5' 142 255 29
R 241 HH1 G 41 OP 58 291 40
R 241 HH2 G 41 OP 89 93 5
R 241 HH2 G 41 OP 9 23 8
R 241 HH1 A 42 OP 237 255 19
K 252 HZ A 7 O5' 100 100 1
K 252 HZ A 7 OP 100 100 1
K 252 HZ A 7 OP 57 99 46
K 252 HZ A 7 O3' 190 190 1