TABLE II
SUMMARY OF H-BONDS BETWEEN SENSE AND ANTISENSE ERE
NUCLEOTIDES DURING 300 PICOSECONDS OF MOLECULAR DYNAMICS
USING AN ER DBD / 25 BP ERE MODEL IN A 10 ANGSTROM WATER LAYER
Column numbers represent the following:
(1) Sense Strand Nucleotide (2) Nucleotide Number (3) H-bonding Atom
(4) Antisense Strand Nucleotide (5) Nucleotide Number (6) H-bonding Atom
(7) First Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(8) Last Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(9) Frequency of H-bond Occurrence
* Denotes Intrastrand Nucleotide H-bonds.
Canonical Watson-Crick H-bonds are in boldface and
other DNA/DNA H-bonds are in plain text.
Key for DNA numbering scheme:
1 LEFT HALF SITE 12 13 RIGHT HALF SITE 25
5' A C A C G C A G T C A C | T T T G A C T T G A T C T 3'
3' T G T G C G T C A G T G | A A A C T G A A C T A G A 5'
50 39 38 26
1 2 3 4 5 6 7 8 9 1 2 3 4 5 6 7 8 9
------------------------------ ------------------------------
A 1 H62 T 50 O4 1 300 268 T 13 O4 A 38 H62 1 300 275
A 1 N1 T 50 H3 5 300 296 T 13 H3 A 38 N1 1 300 300
A 1 H5P A 1 O4' 68 133 33* T 13 O4 A 37 H61 16 20 5
A 1 H62 G 49 O6 1 125 13 T 13 O4 A 37 H62 124 300 39
T 13 O4' G 39 H21 90 90 1
C 2 H42 G 49 O6 1 300 298 T 13 O2 G 39 H22 170 170 1
C 2 N3 G 49 H1 5 300 288
C 2 O2 G 49 H21 8 300 293 T 14 O4 A 37 H62 1 293 254
C 2 N3 G 49 H1 5 300 288 T 14 H3 A 37 N1 1 299 284
C 2 O2 G 49 H1 6 11 6 T 14 O4 A 36 H61 187 192 6
C 2 H41 T 48 O4 260 260 1 T 14 O4 A 36 H62 291 300 10
C 2 H42 T 48 O4 1 253 96
T 15 O4 A 36 H62 1 294 294
A 3 H62 T 48 O4 1 300 300 T 15 H3 A 36 N1 1 276 276
A 3 N1 T 48 H3 6 284 224 T 15 O4 C 35 H41 10 242 49
A 3 H61 G 47 O6 119 240 17 T 15 O4 C 35 H42 85 294 38
C 4 H42 G 47 O6 1 300 288 G 16 O6 C 35 H42 1 237 169
C 4 N3 G 47 H1 8 300 292 G 16 H1 C 35 N3 1 299 242
C 4 O2 G 47 H21 14 300 281 G 16 H21 C 35 O2 1 300 299
C 4 O2 G 47 H1 290 290 1 G 16 H1 C 35 O2 87 284 50
G 16 N1 C 35 H42 69 70 2
G 5 O6 C 46 H42 1 300 297 G 16 O6 T 34 H3 224 300 70
G 5 H1 C 46 N3 1 300 297
G 5 H21 C 46 O2 3 300 298 A 17 H62 T 34 O4 1 191 155
G 5 H1 C 46 O2 59 261 6 A 17 N1 T 34 H3 1 192 166
G 5 O4' G 47 H21 68 72 5 A 17 H62 G 33 O6 37 300 186
C 6 H42 G 45 O6 1 300 124 C 18 H42 G 33 O6 1 114 111
C 6 N3 G 45 H1 1 300 125 C 18 N3 G 33 H1 1 60 49
C 6 O2 G 45 H21 1 300 293 C 18 O2 G 33 H21 1 42 32
C 6 O2 G 45 H1 84 299 178
C 6 H42 T 44 O4 19 39 21 T 19 O4 A 32 H62 1 300 268
T 19 H3 A 32 N1 1 297 160
A 7 H62 T 44 O4 1 300 300 T 19 O4 A 31 H61 158 160 3
A 7 N1 T 44 H3 1 300 227 T 19 O4 A 31 H62 8 27 20
A 7 H62 C 43 N3 207 211 5 T 19 O2 G 33 H1 259 265 7
T 19 O2 G 33 H21 15 295 208
G 8 O6 C 43 H42 1 300 293 T 19 H3 T 20 O2 10 10 1
G 8 H1 C 43 N3 1 300 295
G 8 H21 C 43 O2 1 282 211 T 20 O4 A 31 H62 1 300 296
G 8 N1 C 43 H42 217 224 8 T 20 H3 A 31 N1 1 300 295
G 8 H21 T 44 O2 287 295 9 T 20 O4 C 30 H42 9 11 3
G 8 H22 T 44 O2 170 280 4
G 8 O6 A 42 H62 136 223 15 G 21 O6 C 30 H42 1 300 266
G 21 H1 C 30 N3 1 300 284
T 9 O4 A 42 H62 1 300 299 G 21 H21 C 30 O2 1 300 295
T 9 H3 A 42 N1 1 300 61 G 21 N1 C 30 H42 39 41 3
T 9 H3 G 41 O6 229 231 3 G 21 H1 T 29 O4 68 206 63
C 10 H42 G 41 O6 1 269 243 A 22 H62 T 29 O4 1 300 300
C 10 N3 G 41 H1 1 300 279 A 22 N1 T 29 H3 5 300 146
C 10 O2 G 41 H21 1 300 300 A 22 H62 A 28 N7 18 185 22
C 10 H42 G 41 N1 19 21 3
C 10 O2 G 41 H1 173 235 19 T 23 O4 A 28 H62 1 300 300
C 10 H42 T 40 O4 35 300 126 T 23 H3 A 28 N1 23 300 253
T 23 O4 G 27 H1 104 300 50
A 11 H62 T 40 O4 1 300 300
A 11 N1 T 40 H3 1 300 246 C 24 H42 G 27 O6 1 300 244
A 11 H61 G 39 O6 89 300 59 C 24 N3 G 27 H1 1 300 299
A 11 H62 G 39 O6 288 291 4 C 24 O2 G 27 H21 21 300 280
C 24 H42 G 27 N1 20 20 1
C 12 H42 G 39 O6 1 300 284
C 12 N3 G 39 H1 5 300 288 T 25 O4 A 26 H62 1 300 265
C 12 O2 G 39 H21 8 300 293 T 25 H3 A 26 N1 13 261 137
C 12 O2 G 39 H1 167 171 5 T 25 O2 G 27 H22 29 300 95
G 45 H22 C 46 O2 98 234 28* A 26 H5P A 26 O4' 7 240 159*
G 47 H22 T 48 O2 79 280 56* G 27 H22 A 28 O2P 129 300 131*
G 49 H22 T 50 O2 208 300 36* G 33 O6 T 34 H3 121 232 8*