Harris et al. Table 1

TABLE I

SUMMARY OF H-BONDS BETWEEN GR DBD AMINO ACIDS AND GRE NUCLEOTIDES DURING 600 PICOSECONDS OF MOLECULAR DYNAMICS USING A GR DBD / 29 BP GRE MODEL IN A 10 ANGSTROM WATER LAYER
Column numbers represent the following:
(1) H-bonding Amino Acid (2) Amino Acid Number
(3) Amino Acid H-bonding Atom (4) H-Bonding Nucleotide
(5) Nucleotide Number (6) Nucleotide H-bonding Atom
(7) First Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(8) Last Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(9) Frequency of H-bond Occurrence (10) Codon or Anticodon H-bond
* Denotes codon or anticodon reading 3' to 5'.
Direct H-bonds are in boldface and water mediated H-bonds are in plain text.
  LEFT PROTEIN MONOMER H-BONDS            RIGHT PROTEIN MONOMER H-BONDS

1  2   3  4  5  6   7   8   9  10       1  2   3  4  5  6   7   8   9  10
----EXON 3 ENCODED AMINO ACIDS-----     ----EXON 3 ENCODED AMINO ACIDS-----
K 461 HZ  G  7 OP    8 543  13		K 461 HZ  A 37 N7    1  81  87 C
K 461 HZ  G  8 N7    1  11  16		K 461 HZ  G 38 N7    8  29  19 C
K 461 HZ  G  8 O6    1   2   2		K 461 HZ  G 38 O6   20  43  11 C
K 461 HZ  A 49 O5' 131 141   5          K 461 HZ  C 21 H41 100 397  24 AC
K 461 HZ  A 49 OP   38 513  86          K 461 HZ  C 21 H42  44  58  15 AC
					K 461 HZ  A 36 H61 224 233  10 C
K 465 HZ  A 49 N7    1  10  10		K 461 HZ  A 36 N7   97 600 211 C
K 465 HZ  G  8 N7   56 580 250		K 461 HZ  A 37 H61  38 600 169 C   
K 465 HZ  G  8 O6   28 600 418   
K 465 HZ  G  7 N7   59 562  71		K 465 HZ  T 20 O4    1 600 617 AC*
K 465 HZ  G  7 O5'  96 274  85		K 465 HZ  A 37 N7  157 506  77 C
K 465 HZ  G  7 O6  310 311   2		K 465 HZ  G 38 N7   90 600 254 C
K 465 HZ  G  7 OP   58 301 219		K 465 HZ  G 38 O6    1 600 876 C 
K 465 HZ  G  8 N7    4 537 119		K 465 HZ  A 37 N7  157 300  34 C
K 465 HZ  G  8 O6    9 441 101		K 465 HZ  G 38 N7   90 295  66 C
K 465 HZ  A 50 H61   7 552  71		K 465 O   G 38 OP  320 600 261 C	
K 465 HZ  A 50 N7    6 600 183		K 465 HZ  G 38 O6    1 300 407 C
K 465 HZ  C 51 H42 290 522  23		K 465 HZ  T 20 O4    1 300 310 AC*
					K 465 HZ  C 21 H41   7   8   2 A
R 466 HE  T 10 O4    1 600 461		K 465 HZ  C 21 H42 298 382  21 AC
R 466 HE  T 48 O4   28 244 128		K 465 HZ  A 37 H61 216 580 149 C
R 466 HH1 A 11 N1    1 600 424
R 466 HH1 G 47 O6    8 600 543		R 466 HH1 G 38 O5' 445 583  29 C
R 466 HH1 T 10 O4    1 600 458		R 466 HH1 G 38 OP  325 600 276 C
R 466 HH1 T 48 O4    8 600 563		R 466 HE  A 39 N7  160 201   8 C
R 466 HH2 G 47 O6    1  90  33		R 466 HH1 A 39 N7    1   4   4 C
R 466 HH1 A 11 H62  27 600 141		R 466 HH1 A 39 OP    8 600 422 C
R 466 HH2 A 11 H62  22 600 283		R 466 HH2 A 39 N7    3   5   3 C
R 466 HH1 T 46 O4  154 293  65		R 466 HH2 A 39 OP   24 600 375 C
R 466 HH1 C 12 H41 506 511   6		R 466 HH2 T 19 O4    1   1   1
R 466 HH1 C 12 H42 426 488  19		R 466 HH2 G 18 O6   13 132  49
R 466 HH2 C 12 H41 506 511   6		R 466 HH1 A 39 O5' 149 150   2 
R 466 HH2 C 12 H42 426 488  24		R 466 HH1 A 39 OP    1 149  13 C	
R 466 HH1 T 46 O4  313 600 132		R 466 HH2 A 39 O5'   9 473  16 C
R 466 HH2 T 46 O4   99 600 282		R 466 HH2 A 39 OP   78 181  72 C	
R 466 HH1 G 47 O6  136 600 189		R 466 HH2 A 40 H61  13 151  94
R 466 HH2 G 47 O6   50 600 332		R 466 HH2 A 40 N7   23 541 168	
					R 466 HH2 A 40 OP    9  71   8
V 468 O   T  9 OP   29 592 100 C	
					V 468 O   G 38 OP  283 590  11
E 469 OE  T  9 O5'   7 564  47
E 469 OE  T  9 OP   44 600  95		E 469 OE  G 38 O5'  88 270   6 C
E 469 OE  T 10 O4' 199 203   5		E 469 OE  G 38 OP   60 600  15 C
E 469 OE  T 10 O5' 199 212  14		E 469 OE  A 39 OP    1  64  39 C	
E 469 OE  T 10 OP   28 212  31	
					
					----EXON 4 ENCODED AMINO ACIDS-----
----EXON 4 ENCODED AMINO ACIDS-----	Q 471 HE2 G 18 O6  208 599 382 AC
Q 471 HE2 A 11 H61 180 591  49		Q 471 OE  A 40 H61 239 600 360 C*
Q 471 HE2 A 11 H62  22 440  47		Q 471 OE  C 16 OP   57  62   6 AC
Q 471 OE  A 11 H61 301 592   7		Q 471 HE2 T 17 O4   38 461 201 AC
Q 471 OE  A 11 H62 288 572  19		Q 471 OE  T 17 O4   14 129  19 AC
Q 471 HE2 T 45 OP   28 590  25 AC	Q 471 HE2 G 18 N7    1 590 237 AC
Q 471 HE2 T 46 O4  230 325   4 AC	Q 471 HE2 G 18 O6    4 521 113 AC
Q 471 O   T 46 O5'  38 190  11 AC	Q 471 OE  G 18 O6   19 127  18 AC	
Q 471 O   T 46 OP  348 551  13 AC	Q 471 HE2 A 40 H61  12 119  26 C*	
Q 471 HE2 G 47 O6   50 332  20 AC	Q 471 HE2 A 40 N7  130 209  13 C
					Q 471 OE  A 40 H61 118 146  23 C*
N 473 HD2 T 46 OP    6 600 583 AC*	Q 471 OE  A 40 N7  194 541 162 C
N 473 HD2 T 45 O3' 255 461  19 AC*	Q 471 HE2 C 41 H42  43 308  30 C
N 473 H   T 46 OP  348 440  31 AC*	Q 471 HE2 C 41 N3  292 308  17 C
N 473 HD2 T 46 OP   14 531  34 AC*	Q 471 OE  C 41 H41  14  575 25 C
N 473 OD  T 46 O5'  28 600 114 AC*	Q 471 OE  C 41 H42  19  22   4 C
N 473 OD  T 46 OP   41 585 193 AC*	
					N 473 HD2 T 17 O5'   2  26  15
Y 474 H   T 46 O5' 150 274  10		N 473 HD2 T 17 OP    1 600 556
Y 474 H   T 46 OP    1 290  11		N 473 O   T 17 O5' 372 600  39
Y 474 H   T 46 O5' 305 554  52		N 473 O   T 17 OP  359 598 173
Y 474 H   T 46 OP  308 543  94		N 473 HD2 T 17 OP   30 243  11
Y 474 OH  G 47 O5' 217 297  10 AC	N 473 OD  G 18 O6  518 521   4 AC
Y 474 OH  G 47 OP  105 312  51 AC	N 473 OD  G 18 N7  208 524 147 AC
					N 473 O   G 18 OP  479 481   3 AC
L 475 H   T 46 OP    1 600 335 C	
L 475 O   T 46 OP  170 351   4 C	Y 474 HH  G 18 O5'  90  94   5
		`			Y 474 H   T 17 O5'  45 321  32
A 477 O   T 17 OP   20 162  45 AC*	Y 474 H   T 17 OP   10 293 143
					Y 474 OH  G 18 O5'  78  87  10
G 478 H   T 17 OP  266 395  39 C	Y 474 OH  G 18 N7  536 600   8
					
N 506 O   G  8 OP    9  11   3 AC	L 475 H   T 17 OP  148 304  86 C
					L 475 H   T 17 O5' 303 313  11 C
L 507 O   G  8 OP  314 591 188 AC*	L 475 O   T 17 O5' 127 501  25 C
					L 475 O   T 17 OP  159 484  69 C
					L 475 O   G 18 OP   50 260  12 AC, AC*
----EXON 5 ENCODED AMINO ACIDS-----	
R 510 HH1 A 55 OP  317 600 269		A 477 O   T 46 OP  300 573  26
R 510 HH2 A 55 OP  328 600 273		A 477 O   T 46 OP   16 573  55
R 510 HH1 G  7 O3' 378 382   5		
R 510 HE  G  8 OP  447 540  12		N 506 HD2 A 37 OP    1   1   1 C*
R 510 HH1 G  8 O5' 425 436  12		N 506 HD2 A 36 OP  539 541   3 C*
R 510 HH1 G  8 OP  441 461  10		
R 510 HH1 A 54 N3  370 370   1		L 507 O   A 37 O5' 559 563   5 AC
R 510 HH1 A 54 O4' 370 461  12		L 507 O   A 37 OP   18 600  71 AC
R 510 HH1 A 54 O5' 350 596  58		L 507 O   G 38 OP  300 522   9 AC
R 510 HH1 A 54 OP  577 600  12		
R 510 HE  A 55 OP  189 290   6		
R 510 HH1 A 55 O3'  96 103   8		----EXON 5 ENCODED AMINO ACIDS-----
R 510 HH1 A 55 O5' 119 121   3		R 510 HH1 A 25 O3' 267 271   5
R 510 HH1 A 55 OP  189 439  44		R 510 HH1 A 25 O5' 591 594   4
R 510 HH2 A 55 OP  317 550  15		R 510 HH1 A 25 OP  240 594  12
R 510 HH2 A 55 O5' 260 323   2		R 510 HH2 A 25 O3' 270 270   1
R 510 HH1 A 56 OP   47 306 130		R 510 HH2 A 25 O5' 449 594   7
R 510 HH2 A 56 OP  289 306  16		R 510 HH2 A 25 OP  238 600  8
					R 510 HH1 A 26 OP  127 282  67
K 513 HZ  G  7 O3'   1 312  31		R 510 HH1 A 26 OP  309 600 239
K 513 HZ  G  7 O5' 367 461  2		R 510 HH2 A 26 OP  176 573  67
K 513 HZ  G  7 OP   37 561 294		R 510 HH1 A 27 OP  149 185  27 AC
K 513 HZ  G  8 OP    1 600 766		R 510 HH2 A 37 OP  277 290  14 C
				
					K 513 HZ  A 36 OP   28 600 582 C
					K 513 HZ  A 26 O3' 180 221  11 C
					K 513 HZ  A 26 OP  469 573 114 C
					K 513 HZ  A 27 O5' 150 181  14 C
					K 513 HZ  A 27 OP   30 600 343 C
					K 513 HZ  A 36 O3'  24 600 269 C
					K 513 HZ  A 36 OP   10 360  26 C
					K 513 HZ  A 37 OP    5 600 319 C

					K 517 HZ  A 27 O5' 180 180   1 C
					K 517 HZ  A 27 OP  387 600 214 C
					K 517 HZ  A 36 OP   18 600 557 C
					K 517 HZ  T 35 O3'  56 570 206 AC
					K 517 HZ  A 26 O3'  59 530 271 C
					K 517 HZ  A 26 O4' 340 350  17 C
					K 517 HZ  A 27 O4'  94 524 253 C
					K 517 HZ  A 27 O5' 155 583  36 C
					K 517 HZ  A 27 OP   30 600 211 C
					K 517 HZ  T 35 O5'  40  40   1 AC
					K 517 HZ  T 35 O3' 390 462  11 AC
					K 517 HZ  A 36 OP    8 360  27 C