Molecular Dynamics Simulations - Table II
TABLE II
SUMMARY OF H-BONDS BETWEEN GR DBD AMINO ACIDS AND GRE NUCLEOTIDES DURING
300 PICOSECONDS OF MOLECULAR DYNAMICS USING A GR DBD / 29 BP GRE MODEL
IN A 10 ANGSTROM WATER LAYER
Column numbers represent the following:
(1) H-bonding Amino Acid (2) Amino Acid Number (3) Amino Acid H-bonding Atom
(4) H-Bonding Nucleotide (5) Nucleotide Number (6) Nucleotide H-bonding Atom
(7) First Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(8) Last Occurrence of H-bond (in picoseconds)
(9) Frequency of H-bond Occurrence (10) Codon or Anticodon H-bond
* Denotes codon or anticodon reading 3' to 5'.
Direct H-bonds are in Boldface and water mediated H-bonds are in plain text.
LEFT PROTEIN MONOMER H-BONDS RIGHT PROTEIN MONOMER H-BONDS
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
--------------EXON 3-------------- --------------EXON 3--------------
K 461 HZ G 7 OP 8 13 6 K 461 HZ A 37 N7 1 81 87 C
K 461 HZ G 8 N7 1 11 16 K 461 HZ G 38 N7 8 29 19 C
K 461 HZ G 8 O6 1 2 2 K 461 HZ G 38 O6 20 43 11 C
K 461 HZ A 49 O5' 131 141 5 K 461 HZ C 21 H41 100 101 2 AC
K 461 HZ A 49 OP 38 273 55 K 461 HZ C 21 H42 44 58 15 AC
K 461 HZ A 36 H61 224 233 10 C
K 465 HZ A 49 N7 1 10 10 K 461 HZ A 36 N7 97 279 74 C
K 465 HZ G 8 N7 56 300 201 K 461 HZ A 37 H61 38 270 120 C
K 465 HZ G 8 O6 28 300 121
K 465 HZ G 7 N7 59 265 54 K 465 HZ A 37 N7 157 300 34 C
K 465 HZ G 7 O5' 96 274 85 K 465 HZ G 38 N7 90 295 66 C
K 465 HZ G 7 OP 58 300 218 K 465 HZ G 38 O6 1 300 407 C
K 465 HZ G 8 N7 4 80 19 K 465 HZ T 20 O4 1 300 310 AC*
K 465 HZ G 8 O6 9 271 92 K 465 HZ C 21 H41 7 8 2 AC
K 465 HZ A 50 H61 7 54 44 K 465 HZ C 21 H42 298 300 3 AC
K 465 HZ A 50 N7 6 54 50 K 465 HZ A 37 H61 216 300 34 C
K 465 HZ C 51 H42 290 292 3
R 466 HE A 39 N7 160 201 8 C
R 466 HE T 10 O4 1 300 166 R 466 HH1 A 39 N7 1 4 4 C
R 466 HE T 48 O4 28 244 128 R 466 HH1 A 39 OP 8 300 279 C
R 466 HH1 A 11 N1 1 281 211 R 466 HH2 A 39 N7 3 5 3 C
R 466 HH1 G 47 O6 8 300 289 R 466 HH2 A 39 OP 24 300 75 C
R 466 HH1 T 10 O4 1 283 222 R 466 HH2 T 19 O4 1 1 1
R 466 HH1 T 48 O4 8 300 273 R 466 HH2 G 18 O6 13 132 49
R 466 HH2 G 47 O6 1 90 33 R 466 HH1 A 39 O5' 149 150 2 C
R 466 HH1 A 11 H62 27 290 83 R 466 HH1 A 39 OP 1 149 13 C
R 466 HH2 A 11 H62 22 290 190 R 466 HH2 A 39 O5' 9 152 10 C
R 466 HH1 T 46 O4 154 293 65 R 466 HH2 A 39 OP 78 181 72 C
R 466 HH2 T 46 O4 99 293 97 R 466 HH2 A 40 H61 13 151 94
R 466 HH1 G 47 O6 136 291 79 R 466 HH2 A 40 N7 23 300 50
R 466 HH2 G 47 O6 50 291 184 R 466 HH2 A 40 OP 9 71 8
V 468 O T 9 OP 29 300 58 C V 468 O G 38 OP 283 292 10
E 469 OE T 9 O5' 7 230 22 E 469 OE G 38 O5' 88 270 6 C
E 469 OE T 9 OP 44 102 31 E 469 OE G 38 OP 60 102 14 C
E 469 OE T 10 O4' 199 203 5 E 469 OE A 39 OP 1 64 39 C
E 469 OE T 10 O5' 199 212 14
E 469 OE T 10 OP 28 212 31 --------------EXON 4--------------
Q 471 HE2 G 18 O6 208 300 83 AC
Q 471 OE A 40 H61 239 300 61 C*
--------------EXON 4-------------- Q 471 OE C 16 OP 57 62 6 AC
Q 471 HE2 A 11 H61 180 220 22 Q 471 HE2 T 17 O4 38 300 40 AC
Q 471 HE2 A 11 H62 22 90 34 Q 471 OE T 17 O4 14 129 19 AC
Q 471 OE A 11 H62 288 300 13 Q 471 HE2 G 18 N7 1 288 58 AC
Q 471 HE2 T 45 OP 28 153 23 AC Q 471 HE2 G 18 O6 4 294 105 AC
Q 471 HE2 T 46 O4 230 231 2 AC Q 471 OE G 18 O6 19 127 18 AC
Q 471 O T 46 O5' 38 190 11 AC Q 471 HE2 A 40 H61 12 119 26 C*
Q 471 HE2 G 47 O6 50 89 15 AC Q 471 HE2 A 40 N7 130 209 13 C*
Q 471 OE A 40 H61 118 146 23 C*
N 473 HD2 T 46 OP 6 300 257 AC* Q 471 OE A 40 N7 194 300 27 C*
N 473 HD2 T 45 O3' 255 291 13 AC* Q 471 HE2 C 41 H42 43 300 22 C
N 473 HD2 T 46 OP 14 33 19 AC* Q 471 HE2 C 41 N3 292 300 9 C
N 473 OD T 46 O5' 28 297 76 AC* Q 471 OE C 41 H41 14 18 5 C
N 473 OD T 46 OP 41 294 84 AC* Q 471 OE C 41 H42 19 22 4 C
Y 474 H T 46 O5' 150 274 10 N 473 HD2 T 17 O5' 2 26 15
Y 474 H T 46 OP 1 290 11 N 473 HD2 T 17 OP 1 300 282
Y 474 OH G 47 O5' 217 297 10 AC N 473 HD2 T 17 OP 30 243 11
Y 474 OH G 47 OP 105 300 39 AC N 473 OD G 18 N7 208 287 56 AC
L 475 H T 46 OP 1 292 193 C Y 474 HH G 18 O5' 90 94 5
L 475 O T 46 OP 170 170 1 C Y 474 H T 17 O5' 45 56 12
Y 474 H T 17 OP 10 293 143
A 477 O T 17 OP 20 162 45 AC* Y 474 OH G 18 O5' 78 87 10
G 478 H T 17 OP 266 282 11 C L 475 H T 17 OP 148 300 82 C
L 475 O T 17 O5' 127 160 14 C
N 506 O G 8 OP 9 11 3 AC L 475 O T 17 OP 159 252 28 C
--------------EXON 5-------------- A 477 O T 46 OP 16 300 30
R 510 HE A 55 OP 189 290 6
R 510 HH1 A 55 O3' 96 103 8 N 506 HD2 A 37 OP 1 1 1 C*
R 510 HH1 A 55 O5' 119 121 3
R 510 HH1 A 55 OP 189 295 22 L 507 O A 37 OP 18 251 49 AC
R 510 HH2 A 55 O5' 260 260 1 L 507 O G 38 OP 300 300 1 AC
R 510 HH1 A 56 OP 47 300 124
R 510 HH2 A 56 OP 289 298 10 --------------EXON 5--------------
R 510 HH1 A 25 O3' 267 271 5
K 513 HZ G 7 O3' 1 291 27 R 510 HH1 A 25 OP 240 242 3
K 513 HZ G 7 OP 37 300 163 R 510 HH2 A 25 O3' 270 270 1
K 513 HZ G 8 OP 1 300 333 R 510 HH2 A 25 OP 238 252 11
R 510 HH1 A 26 OP 127 282 67
R 510 HH2 A 26 OP 176 300 33
R 510 HH1 A 27 OP 149 185 27 AC
R 510 HH2 A 37 OP 277 290 14 C
K 513 HZ A 36 OP 28 300 288 C
K 513 HZ A 26 O3' 180 221 11 C
K 513 HZ A 27 O5' 150 181 14 C
K 513 HZ A 27 OP 30 282 260 C
K 513 HZ A 36 O3' 24 259 91 C
K 513 HZ A 36 OP 10 53 24 C
K 513 HZ A 37 OP 5 265 128 C
K 517 HZ A 27 O5' 180 180 1 C
K 517 HZ A 36 OP 18 300 268 C
K 517 HZ T 35 O3' 56 295 141 AC
K 517 HZ A 26 O3' 59 293 154 C
K 517 HZ A 27 O4' 94 300 144 C
K 517 HZ A 27 O5' 155 181 10 C
K 517 HZ A 27 OP 30 204 114 C
K 517 HZ T 35 O5' 40 40 1 AC
K 517 HZ A 36 OP 8 41 26 C